Tổng vốn đầu tư của dự án 31.320 tỷ đồng, từ 3 nguồn: Hơn 13.600 tỷ đồng của Ngân hàng phát triển châu Á (ADB); gần 12.000 tỷ từ Cơ quan Hợp tác quốc tế Nhật Bản (JICA); gần 5.700 tỷ đồng còn lại từ nguồn đối ứng trong nước. Năm 2019, thời điểm dự án phải hoàn thành theo kế hoạch, tổng khối lượng mới đạt 80% thì dự án gặp vướng về thủ tục nên không được bố trí vốn. Chủ đầu tư phải lùi thời gian hoàn thành dự án đến năm 2020 rồi cuối 2023. Để giải quyết khó khăn, Bộ Giao thông Vận tải đề xuất Thủ tướng lùi thời gian hoàn thành đến tháng 9/2025; đồng thời điều chỉnh cơ chế tài chính với từng nguồn vốn ở dự án. Trong đó, cho phép VEC dùng hơn 5.100 tỷ đồng từ nguồn thu phí nhàn rỗi chưa đến kỳ trả nợ, cùng vốn hợp pháp để hoàn thành dự án. Giữa tháng 3, Phó thủ tướng Trần Hồng Hà thị sát dự án cao tốc Bến Lức - Long Thành, yêu cầu gỡ vướng thủ tục trong tháng 4 và thi công trở lại vào tháng 5.

Điểm bắt đầu của cao tốc Bến Lức - Long Thành là từ xã Mỹ Yên thuộc huyện Bến Lức, tỉnh Long An. Sau đó tuyến đường đi qua tỉnh Long An; huyện Bình Chánh, huyện Nhà Bè, huyện Cần Giờ của TP.HCM; cuối cùng là tỉnh Đồng Nai. Tại địa phận của xã Long Thới, Huyện Nhà Bè, tuyến đường cao tốc Bến Lức - Long Thành giao cắt tại vị trí Cầu Bình Khánh bắt qua sông Soài Rạp kết nối với trục Đường Số 1 - Khu công nghiệp Hiệp Phước.